Depuis sa création, les domaines d'application du scanner se sont considérablement étendus, même depuis l'apparition et le développement de techniques alternatives non irradiantes n'utilisant pas de rayons X (échographie et IRM). Il est particulièrement utilisé pour l'exploration des pathologies :
osseuses et articulaires, venant parfois compléter une arthrographie (on parle alors d'arthroscanner).